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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Análise comparativa e filogenética de mitogenomas de garoupas do atlântico (Perciformes; Epinephelidae)(2025-02-20) REIS, Glória Maria da Costa; SOUSA, Rodrigo Petry Corrêa de; http://lattes.cnpq.br/0921857281639788; https://orcid.org/0000-0002-3626-4484; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de; http://lattes.cnpq.br/9327173329561099Os peixes da família Epinephelidae, comumente conhecidos como garoupas, são espécies de grande importância ecológica e econômica, sendo relevantes tanto para a conservação marinha quanto para a pesca comercial. O estudo dos mitogenomas dessas espécies é essencial para entender a diversidade genética do grupo, assim como, evolução e adaptação destes aos diferentes ambientes marinhos. Nesse contexto, este estudo focou na análise dos mitogenomas das espécies Epinephelus morio (garoupa-vermelha) e Mycteroperca interstitialis (garoupa-deboca-amarela) da família Epinephelidae. Os mitogenomas sequenciados apresentaram comprimentos de 16.418pb e 17.455pb, respectivamente, e continham 37 genes mitocondriais, incluindo 13 genes codificadores de proteínas (PCGs), 22 tRNAs e 2 rRNAs, além de uma região de controle. A organização e a ordem gênica observadas são consistentes com o padrão encontrado em outras espécies da família e na maioria dos peixes teleósteos. Ambos os mitogenomas apresentaram uma composição de nucleotídeos semelhante, com variações pequenas nas proporções nucleotídicas. A análise do uso de códons e a estrutura dos genes mostraram semelhanças com outras espécies da família. A árvore filogenética gerada com base nos 13 genes codificadores de proteínas revelou relações próximas entre E. morio e outras espécies da mesma família, contudo, observam-se algumas incongruências nas relações entre gêneros, em virtude de arranjos com padrões parafiléticos de alguns grupos. Este estudo oferece uma base sólida em análises filogenéticas e destaca a importância de integrar dados moleculares para entender melhor as relações evolutivas entre as garoupas.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Identificação molecular de espécies de cefalópodes comercializados no Brasil(2021-10-07) PAIVA, Bianca Lima; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124Os cefalópodes são amplamente comercializados, principalmente as lulas onde as principais espécies exploradas são membros da família Loliginidae e Ommastrephidae, no entanto durante as várias formas de comercialização, ocorre o processamento do animal, que inclui a retirada e separação da cabeça, braços ou mesmo cortado em anéis, o que acaba dificultando a identificação morfológica e facilitando substituições, intencionais ou não, sendo necessários procedimentos mais eficientes para uma correta identificação. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a eficácia do fragmento do 16S rDNA para a identificação de cefalópodes de valor comercial, comercializados na costa brasileira e regiões do Continente Americano. Foram coletadas amostras de supermercados e diretamente de pescadores. E a partir da extração e sequenciamento do DNA, obtivemos uma matriz contendo 216 sequências, incluindo lulas e polvos. Para as lulas, foram identificadas sete espécies distribuídas em vários estados do Brasil e exterior, bem como, erro de rotulagem de espécies nacionais, verificando-se 100% de erro de rotulagem nas amostras do estado do Pará, que continha a espécie Dosidicus gigas, encontrada somente no Oceano Pacífico que, assim como as demais amostras estava rotulada genericamente como “Lula Nacional”. Os dados obtidos indicam a comercialização de 4 espécies diferentes de polvos em feiras e mercados do Brasil e México. Animais vendidos com o nome genérico de “polvo do nordeste” foram geneticamente similares a O. vulgaris do Tipo II, entretanto, não houve valor de suporte estatístico significante que separasse geneticamente O. vulgaris do Tipo I e do Tipo II no presente estudo. Todos os indivíduos coletados em feiras no Nordeste foram geneticamente similares a O. insularis, contudo, o valor de suporte obtido não foi estatisticamente significativo. Portanto, nossos resultados demostraram a eficácia do fragmento do 16S rDNA para identificação de espécies e avaliação de erros de rotulagem. Tais práticas de substituições e fraudes comerciais se tornam uma problemática tanto na perspectiva econômica como ambiental, que poderiam ser sessados no Brasil com leis mais rigorosas no qual se exija o nome comum e científico das espécies, assim como mecanismos eficientes de identificação, a fim de se permitir uma negociação honesta com o consumidor.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Mapeamento de sequências repetitivas no cariótipo de Gymnotus carapo (Gymnotiformes, Teleostei) da Área de Proteção Ambiental (APA) da Ilha do Combú, Belém, Pará(2023-12-14) BARROS, Nayza; NAGAMACHI, Cleusa Yoshiko; http://lattes.cnpq.br/8887641213110093; https://orcid.org/0000-0003-1516-2734Gymnotus (Gymnotiformes) é um gênero de peixes elétricos que utilizam descargas de baixa intensidade para comunicação e predação. Esse grupo possui uma grande diversidade cariotípica de número diplóide (2n) variando de 34 até 54 cromossomos. As sequências repetitivas são importantes marcadores que podem auxiliar na compreensão da evolução cariotípica das espécies, em especial das crípticas, como o Gymnotus carapo. Visando entender a estrutura cariotípica e a evolução do grupo, foram realizados estudos citogenéticos utilizando FISH com sondas snRNA U2, sequências teloméricas, rDNA 5S e rDNA 18S em amostras de Gymnotus coletadas na APA da Ilha do Combú, Belém, Pará, Brasil. Os resultados mostram que Gymnotus carapo “Combú” possui 2n = 42 e fórmula cariotípica de 32 m/sm e 10 st/a. A heterocromatina constitutiva ocorre na região centromérica dos cromossomos, com pequenas faixas intersticiais em alguns cromossomos. O rDNA 18S é encontrado em um único par metacêntrico na região proximal do braço longo. O rDNA 5S também é encontrado em um único par metacêntrico na região proximal do braço longo. O snRNA U2 foi evidenciado na região centromérica de um par metacêntrico. As sequências teloméricas ocorrem na região distal de todos os cromossomos, sendo encontradas sequências intersticiais em um par metacêntrico e um par acrocêntrico. Estes resultados mostram que a espécie se encontra em processo de diversificação, evidenciado pelos diversos rearranjos ocorridos , pela diversidade no 2n e na marcação dos sinais que ocorre no grupo.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Marcadores mitocondriais para identificação da diversidade de Anostomidae(2025-03-31) NASCIMENTO, Bruna Gabriele Cardoso; VENEZA, Ivana Barbosa; http://lattes.cnpq.br/4570488200672692; https://orcid.org/0000-0002-3528-1290; GOMES, Grazielle Fernanda Evangelista; http://lattes.cnpq.br/5740656339448561; https://orcid.org/0000-0001-8898-0311A família Anostomidae, composta por peixes de água doce neotropicais, destaca-se pela sua diversidade e importância ecológica e econômica nas áreas onde ocorrem. No entanto, trata-se de um grupo controverso quanto à real diversidade registrada, relações filogenéticas complexas e identificação de espécies problemática. Diante disso, este estudo teve como objetivo investigar a eficiência de fragmentos mitocondriais para determinação de espécies de Anostomidae. Para isso, a pesquisa foi conduzida em dez localidades, onde foram amostrados 127 indivíduos, a partir dos quais foram amplificados fragmentos mitocondriais do gene Citocromo Oxidase C, Subunidade I (COI) e Região Controle (RC). Representantes de haplótipos de ambas as regiões genéticas estudadas foram confrontadas em bancos públicos de sequências, além da aplicação da identificação filogenética, baseada na topologia de cladogramas, auxiliada por identificação morfológica. Os resultados demonstraram que o gene COI apresentou limitações na distinção de espécies a partir das comparações em bancos públicos de sequências, o que foi indicado pela alta similaridade genética entre múltiplas espécies, algo corroborado pela Inferência Bayesiana desse fragmento, onde os clados não demonstraram arranjos indistintos a nível de espécie e gênero. Por outro lado, a análise filogenética baseada na RC revelou uma melhor resolução para a discriminação dos gêneros Leporinus, Megaleporinus e Schizodon, assim como para espécies, em conformidade com a identificação morfológica. No entanto, a escassez de sequências da RC em bancos públicos limitou sua aplicabilidade para identificação molecular de Anostomidae. Assim, o uso desse fragmento mitocondrial mostra-se promissor como alternativa, aliado à morfologia, para aprimorar a identificação e delimitação de anostomídeos, e dessa forma, pode contribuir com estudos taxonômicos e filogenéticos do grupo.Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) Using copepods to develop a didactic strategy for teaching species concepts in the classroom(2022-07-06) ROSARIO, Renata Furtado do; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de; http://lattes.cnpq.br/9327173329561099Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Uso do código de barras de DNA para verificar a autenticidade da rotulagem de filés in natura de dourada (brachyplatystoma rousseauxi, castelnau, 1855) comercializados em supermercado e na feira municipal de Breves - PA(2018-01-25) GALIZA, Rayrisson Luis da Conceição; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124Brachyplatystoma rousseauxii, é uma espécie da família Pimelodidae, popularmente conhecida como dourada, onde a mesma apresenta uma elevada importância comercial para região amazônica brasileira. Recentemente, com a abertura da exploração comercial desta espécie, e principalmente a modernização das formas de comercialização, como a filetagem, tem gerado duvidas junto aos consumidores sobre possíveis substituições de espécies de elevado valor comercial, por outras de menor valor, o que acarreta fraude comercial. O presente estudo, através da ferramenta de DNA de código de barras, investigou amostras de peixe comercializadas como “dourada” no município de Breves (feira livre e supermercado) bem como amostras provenientes de outros municípios para inferir se B. rousseauxii é alvo de substituições comerciais. 54 amostras foram utilizadas no presente estudo, tendo uma porção do gene citocromo oxidase subunidade I (COI) amplificado para cada espécime. Os resultados apontam que a ferramenta de DNA foi efetiva em identificar 100% dos indivíduos utilizados no presente estudo, indicando que apenas duas amostras não correspondiam geneticamente a B. rousseauxii, mas sim a B. capapretum que possui a mesma distribuição de B. rousseauxii embora, com características morfológica bem distintas. Todos os indivíduos coletados em supermercado e identificados como “dourada” foram geneticamente idênticos a B. rousseauxii. Os resultados aqui obtidos reforçam a necessidade da implementação de metodologias de identificação de pescado adicionais, as quais possam garantir aos consumidores a validade das espécies que os mesmos desejam consumir.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Utilização da ferramenta de DNA Barcoding para identificação genética de arraias da família Potamotrygonidae garman, 1877 do município de Portel Pará(2016-04-28) VANZELER, Jesiane Teixeira; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124As raias de água doce pertencem à família Potamotrygonidae, pertencem a um grupo monofilético de elasmobrânquios restritos as bacias de rios em regiões neotropicais compostos por um grupo de peixes muito diversificados na América do Sul e se encontram na maioria dos rios tropicais do continente. Estão presentes em todos os países da América do Sul, menos no Chile. Atualmente, as informações acerca das raias de água doce neotropicais apresentam-se ainda de forma incompleta, bem como dados taxonômicos, distribuição atualizada das espécies que compõe o grupo bem como sua atual relação filogenética, principalmente de regiões como a Ilha do Marajó e sua porção Ocidental. O grupo das raias marinhas também apresenta uma série de complicações taxonômicas, onde padrões de coloração de disco e forma, em muitos casos não são informativos a nível de espécie. Apesar do Brasil possuir um número significativo de taxonomistas, ainda existem grupos de espécies pouco estudadas, as quais podem apresentar espécies que não foram descritas e que precisam de identificação, o qual requer tempo, recursos e pessoas capacitadas para tal atividade. Por isso, a ampliação de estudos integrados com dados moleculares que possam facilitar o processo de identificação de espécies e resolver os problemas taxonômicos vem se intensificando ao longo do tempo. O DNA barcoding é um método rápido, eficiente e acessível globalmente para delimitar e identificar novas espécies. O benefício da técnica de DNA barcoding abrange não somente estudos taxonômicos, mas também filogenéticos e de genética de populações. Através dos resultados obtidos, é possível perceber que existem a presença de pelo menos três espécies de potamotrigonideos na região da cidade de Portel, Ilha do Marajó: Potamotrygon motoro, P. orbignyi e Paratrygon aireba. Entretanto, quando comparadas as sequencias do presente estudo com as disponíveis no genbank, percebe-se que P. motoro não é uma espécie monofilética, onde recentemente foi redescrita e limitada apenas a bacia do Rio Paraná-Paraguai. Desta forma a espécie presente na região de Portel provavelmente é uma espécie nova e ainda não descrita. Os resultados gerados são os primeiros a indicarem uma caracterização molecular da fauna de Potamotrigonideos da região de Portel, indicando que novos estudos tanto morfológicos quanto genéticos são necessários para aumentar o conhecimento sobre aa espécies da família Potamotrygonidae da região.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Utilização da ferramenta de DNA Barcoding sugere espécie críptica dentro da raia criticamente ameaçada Aetobatus narinari Euphrasen, 1790 no atlântico sul ocidental(2016-02-19) OLIVEIRA, Cintia Negrão de; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124Os elasmobrânquios (peixes cartilaginosos) estão inseridos no grupo dos vertebrados viventes mais antigos que existem, com registro fóssil datado entre 350-400 milhões de anos atrás, inserido dentro da classe Chondrichthyes, a qual se divide em duas subclasses: Elasmobranchii (Tubarões e Arraias) e Holocephalii (Quimeras). Apresentam atualmente cerca de 1.100 espécies. O gênero Aetobatus é composto por pelo menos quatro espécies nominais das quais A. narinari é a mais importante dentro do gênero devido ao fato de possuir distribuição global. Estudos realizados nos últimos anos tem confirmado a presença de espécies crípticas dentro de A. narinari, entretanto, a fauna do Atlântico Sul Ocidental ainda não foi alvo de investigações morfológicas ou moleculares. O presente estudo pretende testar a eficiência da ferramenta de DNA barcoding na identificação de A. narinari vendida e processada em mercados de Bragança-PA e Valença-BA, identificadas como arraia pintada. Os resultados indicam que as amostras provenientes de Bragança e Valença, são geneticamente idênticas a indivíduos provenientes da Florida, Belize e Cayman, havendo ainda a formação de vários subgrupos ao longo das sequencias utilizadas no presente estudo. Adicionalmente, os resultados também indicam que sequências provenientes de indivíduos do estado de São Paulo, são geneticamente muito distantes de todas as outras sequências utilizadas no presente estudo, indicando a presença de possíveis espécies crípticas dentro de A. narinari no Atlântico Sul Ocidental. Novos estudos moleculares e morfológicos são necessários para tentar elucidar quantas espécies realmente existem dentro de A. narinari, bem como se existem ainda subpopulação ao longo de sua área de ocorrência na região do Atlântico Sul Ocidental.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Utilização do gene 5S rDNA como ferramenta de identificação de espécies da ordem pleuronectiformes(2017) SILVA, Sirley Farias da; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124A necessidade de estudos de genética molecular com espécies da Ordem Pleuronectiformes se baseia principalmente nos problemas taxionômicos de muitos grupos e certas espécies, havendo dificuldade na correta identificação das espécies, principalmente aquelas que não são objeto de captura comercial. Um método de identificação de espécies baseado em Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) do gene 5S rDNA, foi empregado para discriminar espécies de peixes-planos Sul Americanas de duas famílias, Achiridae e Pleuronectidae. Os resultados demonstram padrões de bandas espécie-específicos, sendo possível discriminar as espécies analisadas com uma simples migração em gel de agarose. Também foi verificada a variação intraespecífica, através da migração de todas as amostras coletadas para o presente estudo, onde todos os indivíduos apresentaram o mesmo padrão. Os resultados do presente estudo fornecem um método rápido e preciso para a discriminação de espécies de peixes planos de duas famílias Sul Americanas, onde tanto estudos morfológicos quanto genéticos são escassos para as espécies de peixes planos.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Validação de protocolo, baseado em PCR multiplex, para identificação de filés de bagres do gênero Brachyplatystoma(2023-11-27) SILVA, Ana Claudia Carvalho da; SILVA, Simoni Santos da; http://lattes.cnpq.br/0818422393872186No Brasil, os peixes Brachyplatystoma filamentosum - filhote, Brachyplatystoma rousseauxi – dourada e Brachyplatystoma vaillantii – piramutaba, são importantes recursos pesqueiros, cujos filés vêm sendo substituídos por peixes de menor valor econômico, caracterizando fraude comercial. Portanto, foi desenvolvido protocolo, baseado em PCR multiplex do COI mitocondrial, para identificar as espécies pelo padrão de bandeamento e avaliar a autenticidade dos produtos processados. Desta forma, o presente trabalho objetivou validar o protocolo multiplex desenvolvido para identificação e autenticação destes peixes processados. Foram coletadas 128 amostras de peixes rotulados como filhote (N = 6, 4 postas e 2 filés), dourada (N = 62, 21 postas e 41 filés) e piramutaba (N = 60, 5 postas e 55 filés). O DNA foi extraído e o protocolo multiplex utilizado, resultando em 85,94% dos produtos contendo a banda controle (~650 pb) e o fragmento espécie-específico de ~254 pb para a dourada, ~405 pb para a piramutaba e -466 pb para o filhote. Por outro lado, 14,06% (N = 18) das amostras não correspondiam à espécie descrita no rótulo, e a substituição foi observada apenas na dourada a qual foi trocada por piramutaba (N = 15) e Sciades proops (N = 3). A dourada possui maior valor agregado que a piramutaba e S. proops, portanto, sugerimos que as substituições são fraudulentas, visando o lucro das empresas em detrimento do consumidor. Diante destes resultados, conclui-se que a PCR multiplex é um protocolo eficiente, rápido, sensível e econômico, que pode ser utilizada para a autenticação de produtos processados.