Modelos ocultos de markov para predição de genes NIF11 em cianobactérias da região amazônica

As cianobactérias possuem uma alta variabilidade estrutural e diversidade fenotípica, assim estando presentes em vários habitats. A grande diversidade no bioma da região amazônica somada aos estudos sobre bacteriocinas peptídeos produzidos por vários microrganismos, inclusive cianobactérias são de grande importância para várias indústrias, dentre elas a farmacêutica e alimentícia. Outro fator relevante para pesquisas com bacteriocinas é sua relação com genes do domínio nif11, presentes em cianobactérias da região amazônica. O presente trabalha utiliza-se de técnicas e ferramentas da bioinformática como alinhamentos múltiplos, softwares de visualização e a modelagem de perfis por inferência, para este último foram utilizados os Modelos Ocultos de Markov (Hidden Markov Model – HMM), onde um perfil foi desenvolvido e treinado para identificação de sequências dos genes nif11 em sete genomas. Posteriormente a eficácia do modelo desenvolvido foi verificada ao serem comparados os resultados obtidos com os gerados pelo modelo TIGR03798, onde foi constatado um aumento de sensibilidade na identificação das sequências alvos.