Navegando por CNPq "CNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOS"
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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Abordagem molecular na identificação de espécies candidatas de Hepatozoon sp.(Apicomplexa: Hepatozoidae)(2018-12-05) PAIVA, Gleicierle Rodrigues; OLIVEIRA, Elciomar Araújo de; http://lattes.cnpq.br/1088366040232425; HERNÁNDEZ-RUZ, Emil José; http://lattes.cnpq.br/9304799439158425; https://orcid.org/0000-0002-3593-3260Hepatozoon spp. são protozoários intracelulares mais frequentes em serpentes. O objetivo deste estudo foi a utilização da abordagem molecular pelo método Automatic Barcode Gap Discovery, para identificar espécies candidatas do gênero Hepatozoon, parasitando as serpentes: Clelia clelia e Drymarchon corais. Das serpentes foram extraidas amostras sanguineas e delas o DNA, do qual foi amplificado um fragmento do gene nuclear 18S por meio da Reação de Cadeira em Polimerase. A análise filogenética, indicou que o Hepatozoon sp. de das duas espécies de serpentes formam grupos distintos das outras espécies do gênero. O alto valor da probabilidade posterior (99%), indica que Hepatozoon sp. de C. clelia e D. corais representam linhagens irmãs, embora mais dados sejam necessários para inferir as relações filogenéticas entre elas. O resultado do ABGD identificou a existência de 33 grupos (prior maximal distance P= 0.001) para a partição inicial, classificando Hepatozoon sp. de C. clelia e de D. corais como sendo dois taxa distintos, podendo ser consideradas como espécies canditadas não confirmadas. Poucos estudos tratam do relacionamento entre as espécies de Hepatozoon, sendo assim os dados morfológicos tradicionalmente usados na taxonomia desses grupos possibilita significativamente a comparação com outras espécies de Hepatozoon, contribuindo para a descrição da diversidade de espécies do gênero.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Análise genômica de bactérias potencialmente produtoras de antimicrobianos isoladas do Parque Estadual do Utinga, Pará(2022-08-25) MARCON, Davi Josué; BARAÚNA, Rafael Azevedo; http://lattes.cnpq.br/9603633482985202; https://orcid.org/0000-0001-6654-2118Tendo em mente a atual crise no mercado farmacológico devido ao surgimento de microrganismos multiresistestes, faz-se necesária a readequação das metodologias de desenvolvimento de fármacos. A mineração genômica permite predizer a capacidade de microrganismos produzirem metabólitos sem a necessidade de testes in vitro, encurtando os passos até a descoberta de novos fármacos. A partir do sequenciamento de duas cepas bacterianas (Rhodococcus sp. e Brevibacillus brevis ), foi possível montar seu genomas utilizando o software SPADES, predizer os genes nos genomas utilizando a ferramenta PROKKA e predizer a produção de Metabólitos secundários usando o ANTI-SMASH. Como principais resultados obtivemos que a cepa de Rhodococcus sp., possuí 16 clusters ainda sem a função definida. A amostra Brevibacillus brevis apresentou 15 clusters sendo 3 (macrobrevina,tirocidina e gramicidina) com função predita para atividade antimicrobiana. A técnica de mineração genômica, permitiu prospectar informações a respeito da produção de metabólitos, com isso foi possível avaliar o potencial biotecnológico desses organismos com técnicas independentes de cultivo.Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos(2024-09-19) SANTOS, Victória Cardoso dos; TEIXEIRA, Otávio Noura; http://lattes.cnpq.br/5784356232477760; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590O desenvolvimento das ciências ômicas foi muito influenciado pelas tecnologias de sequenciamento. No entanto, o grande volume de dados gerados por essas tecnologias torna necessário o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para processamento e análise, principalmente na montagem do genoma. Duas abordagens principais são comumente usadas para montagem: montagem baseada em referência, que mapeia as leituras de sequenciamento em relação a um genoma de referência, e montagem de novo, que executa a montagem sem uma referência. Técnicas de montagem de novo incluem Overlap Layout-consensus, grafo De Bruijn e algoritmos gulosos. Embora inúmeras ferramentas tenham sido desenvolvidas ao longo dos anos, os desafios persistem, incluindo resultados de montagem fragmentados e contigs redundantes. Como resultado, surgiram novos métodos, como estratégias de montagem híbrida que combinam resultados de diferentes montadores. No entanto, as ferramentas existentes que utilizam essa estratégia geralmente envolvem linhas de comando extensas e complexas. O GenTreat é um pipeline computacional com uma interface gráfica intuitiva, foi desenvolvido para montagem híbrida automatizada de genomas procarióticos, realiza a montagem usando dois montadores, mescla os resultados e, em seguida, ordena e anota o genoma montado. A validação usando leituras brutas de 61 organismos demonstrou que é uma alternativa viável para montagem híbrida automatizada, eliminando a necessidade do uso de extensas linhas de comando. A ferramenta está disponível em: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.Trabalho de Conclusão de Curso - Especialização Acesso aberto (Open Access) Myliobatis freminvillei (Lesueur, 1824), um novo caso críptico no atlântico sul ocidental(2018-06-20) ALVES, Rayssa Borges Dias; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124A classe dos Chondrichthyes é representada pelos elasmobrânquios (peixes cartilaginosos), ao qual divide-se em duas subclasses: Elasmobranchii (Tubarões e Raias) e Holocephalii (Quimeras). O gênero Myliobatis é composto por 11 espécies válidas distribuídas ao redor do mundo, destas três são ocorrentes na costa do Brasil, Myliobatis freminvillei (Lesueur, 1824), Myliobatis goodei (Garman, 1885) e Myliobatis ridens (Ruocco, Lucifora, Astarloa, Mabragaña & Delpiani, 2012). A taxonomia das raias da família Myliobatidae permaneceu por muitas décadas inalterada. Contudo, recentemente vários estudos vem redefinindo a validade de famílias, bem como a presença de novas espécies dentro deste grupo. O presente estudo, realizou uma filogenia molecular do gênero Myliobatis, testando a eficácia do DNA barcode na resolução das espécies do gênero. Indivíduos foram coletados nos estados do Pará e São Paulo, onde os genes COI e RAG1 foram amplificados e comparados com sequências disponíveis no Genebank. Os resultados das amostras revelaram que: 1- Das nove espécies utilizadas no presente estudo, sete (7) foram recuperadas de forma monofilética em todas as inferências realizadas. As excessões foram M. freminvillei e M. chilensis. No caso da primeira, as amostras obtidas do sudeste do Brasil, se mostraram geneticamente distintas em relação as sequências de indivíduos provenientes dos EUA; 2- Em nenhuma das inferências filogenéticas realizadas as espécies sul americanas foram recuperadas como espécies irmãs. As linhagens de M. fremenvillei foram recuperadas mais proximamente relacionadas a M. californica, espécie restrita a região do Oceano Pacífico (México e Califórnia), enquanto M. goodei foi recuperada como espécie irmã de M. chilensis e finalmente, a última espécie descrita do gênero (M. ridens) foi recuperada mais próxima a M. peruvianus. Adicionalmente, os resultados também indicam a existência de uma nova linhagem genética de M. freminvillei no Brasil. Tal presença de uma nova linhagem de Myliobatis confirma a necessidade de estudos mais apurados em relação a fauna de elasmobrânquios que ocorrem no Atlântico Sul Ocidental. Uma amostragem mais robusta, bem como inferências sistemáticas irão auxiliar na delimitação de ocorrência desta nova linhagem no litoral brasileiro.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) O uso do DNA Barcoding para análise de substituição do peixe Brachyplatystoma filamentosum, PIMELODIDAE (Filhote) comercializadas In Natura no município de Breves, Ilha do Marajó.(2017-11-10) GONÇALVES, Andressa Santos; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124O Brasil é o país com maior potencial hídrico do planeta, apresentando cerca de 13,7% da água doce do mundo. A economia da região amazônica, especialmente das comunidades ribeirinhas, depende em grande parte dos recursos do rio, o controle da pesca nessa região acaba sendo escasso. O código de barras de DNA (DNA barcoding) mostra-se como um aliado nessa tarefa, pois é uma técnica que utiliza sequências curtas de DNA, como diagnóstico molecular para a identificação ao nível de espécies e faz com que estas informações sejam obtidas de forma rápida e barata. Este estudo pretende avaliar com o uso do DNA barcoding a possível substituição de peixes comercializados in natura sob o nome popular de filhote (Brachyplatystoma filamentosum) e por quais espécies estão sendo substituídos, apontando suas possíveis causas. Foram coletadas 12 amostras de B. filamentosum, provenientes da feira municipal de peixe de Breves, Ilha do Marajó e 12 amostras provenientes da cidade de Mocajuba, região do Rio Tocantins, totalizando 24 amostras. O DNA genômico total foi extraído com o Kit de extração DNA Wizard Genomics (Promega Inc), os DNA foram migrados em eletroforese submarina em gel de agarose low melt de 1% para quantificação da qualidade dos mesmos. A partir da extração, foram realizadas as amplificações, através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) do gene Citocromo Oxidase subunidade I – COI. Os resultados obtidos apontaram uma baixa taxa de substituição do peixe B. filamentosum, não indicando caráter de substituição intencional, mas faz-se necessário um monitoramento do pescado na região amazônica e a implementação de Leis para o pescado, mas em especial ao filhote, para ele não seja sobre explorado.