GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos

O desenvolvimento das ciências ômicas foi muito influenciado pelas tecnologias de sequenciamento. No entanto, o grande volume de dados gerados por essas tecnologias torna necessário o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para processamento e análise, principalmente na montagem do genoma. Duas abordagens principais são comumente usadas para montagem: montagem baseada em referência, que mapeia as leituras de sequenciamento em relação a um genoma de referência, e montagem de novo, que executa a montagem sem uma referência. Técnicas de montagem de novo incluem Overlap Layout-consensus, grafo De Bruijn e algoritmos gulosos. Embora inúmeras ferramentas tenham sido desenvolvidas ao longo dos anos, os desafios persistem, incluindo resultados de montagem fragmentados e contigs redundantes. Como resultado, surgiram novos métodos, como estratégias de montagem híbrida que combinam resultados de diferentes montadores. No entanto, as ferramentas existentes que utilizam essa estratégia geralmente envolvem linhas de comando extensas e complexas. O GenTreat é um pipeline computacional com uma interface gráfica intuitiva, foi desenvolvido para montagem híbrida automatizada de genomas procarióticos, realiza a montagem usando dois montadores, mescla os resultados e, em seguida, ordena e anota o genoma montado. A validação usando leituras brutas de 61 organismos demonstrou que é uma alternativa viável para montagem híbrida automatizada, eliminando a necessidade do uso de extensas linhas de comando. A ferramenta está disponível em: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.