GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos

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dc.contributor.advisor-co1TEIXEIRA, Otávio Noura
dc.contributor.advisor-co1Latteshttp://lattes.cnpq.br/5784356232477760pt_BR
dc.contributor.advisor1VERAS, Adonney Allan de Oliveira
dc.contributor.advisor1Latteshttp://lattes.cnpq.br/2201652617167877pt_BR
dc.contributor.advisor1ORCIDhttps://orcid.org/0000-0002-7227-0590pt_BR
dc.creatorSANTOS, Victória Cardoso dos
dc.creator.Latteshttp://lattes.cnpq.br/0174000863667536pt_BR
dc.date.accessioned2024-09-24T14:05:46Z
dc.date.available2024-09-24T14:05:46Z
dc.date.issued2024-09-19
dc.description.abstractThe development of omics sciences has been greatly influenced by sequencing technologies. However, the large volume of data generated by these technologies necessitates the development of new computational tools for processing and analysis, particularly in genome assembly. Two main approaches are commonly used for assembly: reference-based assembly, which maps sequencing reads against a reference genome, and de novo assembly, which performs assembly without a reference. De novo assembly techniques include Overlap Layout-consensus, De Bruijn graph, and greedy algorithms. Although numerous tools have been developed over the years, challenges persist, including fragmented assembly results and redundant contigs. As a result, new methods have emerged, such as hybrid assembly strategies that combine results from different assemblers. However, existing tools utilizing this strategy often involve extensive and complex command lines. GenTreat is a computational pipeline with an intuitive graphical interface, was developed for automated hybrid assembly of prokaryotic genomes, performs assembly using two assemblers, merges the results, and then orders and annotates the assembled genome. Validation using raw reads from 61 organisms demonstrated that is a viable alternative for automated hybrid assembly, eliminating the need for using extensive command lines. The tool is available at: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.pt_BR
dc.description.resumoO desenvolvimento das ciências ômicas foi muito influenciado pelas tecnologias de sequenciamento. No entanto, o grande volume de dados gerados por essas tecnologias torna necessário o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para processamento e análise, principalmente na montagem do genoma. Duas abordagens principais são comumente usadas para montagem: montagem baseada em referência, que mapeia as leituras de sequenciamento em relação a um genoma de referência, e montagem de novo, que executa a montagem sem uma referência. Técnicas de montagem de novo incluem Overlap Layout-consensus, grafo De Bruijn e algoritmos gulosos. Embora inúmeras ferramentas tenham sido desenvolvidas ao longo dos anos, os desafios persistem, incluindo resultados de montagem fragmentados e contigs redundantes. Como resultado, surgiram novos métodos, como estratégias de montagem híbrida que combinam resultados de diferentes montadores. No entanto, as ferramentas existentes que utilizam essa estratégia geralmente envolvem linhas de comando extensas e complexas. O GenTreat é um pipeline computacional com uma interface gráfica intuitiva, foi desenvolvido para montagem híbrida automatizada de genomas procarióticos, realiza a montagem usando dois montadores, mescla os resultados e, em seguida, ordena e anota o genoma montado. A validação usando leituras brutas de 61 organismos demonstrou que é uma alternativa viável para montagem híbrida automatizada, eliminando a necessidade do uso de extensas linhas de comando. A ferramenta está disponível em: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.pt_BR
dc.identifier.citationSANTOS, Victória Cardoso dos. GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos. Orientador: Adonney Allan de Oliveira Veras; Coorientador: Otávio Noura Teixeira. 2024. [38] f. Trabalho de Curso (Bacharelado em Engenharia da Computação) – Faculdade de Engenharia da Computação, Campus Universitário de Tucuruí, Universidade Federal do Pará, Tucuruí, 2024. Disponível em: https://bdm.ufpa.br/jspui/handle/prefix/7237. Acesso em:.pt_BR
dc.identifier.urihttps://bdm.ufpa.br/jspui/handle/prefix/7237
dc.rightsAcesso Abertopt_BR
dc.source.uriDisponível na internet via Sagittapt_BR
dc.subjectPipelinept_BR
dc.subjectMontagem híbridapt_BR
dc.subjectMontagempt_BR
dc.subjectNGSpt_BR
dc.subjectProcariotopt_BR
dc.subjectHybrid assemblypt_BR
dc.subjectAssemblypt_BR
dc.subjectProkaryotept_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::ENGENHARIASpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO::SISTEMAS DE COMPUTACAOpt_BR
dc.subject.cnpqCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA MOLECULAR E DE MICROORGANISMOSpt_BR
dc.titleGenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticospt_BR
dc.typeTrabalho de Curso - Graduação - Artigopt_BR

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