Faculdade de Biotecnologia - FBIOTEC/ICB
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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Análise genômica de bactérias potencialmente produtoras de antimicrobianos isoladas do Parque Estadual do Utinga, Pará(2022-08-25) MARCON, Davi Josué; BARAÚNA, Rafael Azevedo; http://lattes.cnpq.br/9603633482985202; https://orcid.org/0000-0001-6654-2118Tendo em mente a atual crise no mercado farmacológico devido ao surgimento de microrganismos multiresistestes, faz-se necesária a readequação das metodologias de desenvolvimento de fármacos. A mineração genômica permite predizer a capacidade de microrganismos produzirem metabólitos sem a necessidade de testes in vitro, encurtando os passos até a descoberta de novos fármacos. A partir do sequenciamento de duas cepas bacterianas (Rhodococcus sp. e Brevibacillus brevis ), foi possível montar seu genomas utilizando o software SPADES, predizer os genes nos genomas utilizando a ferramenta PROKKA e predizer a produção de Metabólitos secundários usando o ANTI-SMASH. Como principais resultados obtivemos que a cepa de Rhodococcus sp., possuí 16 clusters ainda sem a função definida. A amostra Brevibacillus brevis apresentou 15 clusters sendo 3 (macrobrevina,tirocidina e gramicidina) com função predita para atividade antimicrobiana. A técnica de mineração genômica, permitiu prospectar informações a respeito da produção de metabólitos, com isso foi possível avaliar o potencial biotecnológico desses organismos com técnicas independentes de cultivo.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Perfil de resistência a antibióticos e metais em bactérias isoladas dos rios Pajuçara e Curuai em Santarém, Pará(2022-08-25) SILVA, Beatriz Lobato da; BARAÚNA, Rafael Azevedo; http://lattes.cnpq.br/9603633482985202; https://orcid.org/0000-0001-6654-2118O presente trabalho busca identificar e caracterizar o perfil de resistência a antibióticos e a metais de bactérias Gram-negativas isoladas dos rios Pajuçara e Curuai, relacionando com o impacto ambiental causado por atividades antrópicas nas proximidades desses ambientes. Para isso, as cepas isoladas dos rios tiveram seu DNA extraído e amplificado para sequenciamento do gene rRNA 16s, e foram submetidas a testes de sensibilidade à 16 antibióticos (beta-lactâmicos, aminoglicosídeos, tetraciclinas, sulfonamidas, quinolonas e cloranfenicois) e 2 metais pesados (Arsênio e Manganês), através dos métodos disco-difusão e microdiluição em placa para concentração inibitória mínima. O gênero mais predominante entre os isolados foi Klebsiella (aproximadamente 45,5%), seguido de Stenotrophomonas (36,4%), Achromobacter e Shigella (ambos 9,1%). Cerca de 27,27% dos isolados apresentaram multirresistência, isto é, resistência a pelo menos 3 classes de antibióticos. Todos os isolados foram resistentes à amoxicilina, ampicilina e cefalotina, e sensíveis à ciprofloxacina e sulfazotrim. Os isolados dos gêneros Stenotrophomonas e Achromobacter exibiram as maiores taxas de resistência a antimicrobianos, e também obtiveram os maiores valores de concentração inibitória mínima aos dois metais testados.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Proteoma diferencial do soro de Canis lupus familiaris acometidos por cinomose canina(2022-08-30) CUNHA, Giovane Pinheiro; CASSOLI, Juliana Silva; http://lattes.cnpq.br/3253724609420588; https://orcid.org/0000-0002-2174-6309A Cinomose Canina é uma doença infecciosa multissistêmica que acomete cães (Canis lupus familiaris) e algumas outras espécies da ordem carnívora, com alta taxa de mortalidade e letalidade entre os canídeos. O diagnóstico é baseado no histórico clínico do animal, na avaliação física e em exames laboratoriais. A proteômica é uma ferramenta que vem sendo utilizada para auxiliar no diagnóstico de doenças infecciosas por meio de identificação e rastreamento de biomarcadores, produzidos pelo organismo em resposta à infecção ou detecção de proteínas do agente infeccioso, presentes no sangue de pacientes infectados. O objetivo deste trabalho foi descrever o proteoma diferencial de cães infectados por Canine Distemper Virus em busca de possíveis biomarcadores proteicos produzidos pelos animais em resposta à doença e detectar a presença de proteínas virais nos mesmos. As amostras de soro de animais sadios e doentes (infectados) foram disponibilizadas pelo Laboratório de Tecnologia Biomolecular da UFPA (LTB) e analisadas por RT-PCR para confirmação da infecção. Posteriormente, as amostras (n=4 por grupo) foram preparadas para as análises proteômicas, em que as proteínas presentes no soro passaram por processos de redução, alquilação, digestão e dessalinização, gerando peptídeos trípticos. As análises proteômicas foram realizadas, em triplicata técnica, utilizando uma plataforma de cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massa em escala nano (nanoLC-MS/MS). A identificação, quantificação das proteínas por label-free e as análises estatísticas foram feitas usando softwares dedicados. Além disso, as análises de biologia de sistemas foram realizadas usando ferramentas computacionais gratuitas disponíveis. As proteínas diferencialmente expressas demonstraram correlação com processos biológicos da resposta inflamatória e resposta imune inata. Dentre elas, as que apresentaram possibilidade para biomarcação foram: Alfa-2-HS-glicoproteína (Fetuina-A) e Proteína de ligação à vitamina D (GC-Globulina). Além disso, uma proteína viral foi detectada somente em amostras de animais doentes. Dessa forma, por meio da protêomica descritiva e diferencial do soro de cães infectados foi possível apontar proteínas que poderão contribuir no diagnóstico e/ou prognóstico da doença.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Criação de um selo para autenticação de alimentos veganos utilizando métodos moleculares(2022-06-22) RIBEIRO, Naiana Corrêa; GRAÇAS, Diego Assis das; http://lattes.cnpq.br/1945468865634432; https://orcid.org/0000-0002-5059-4316Com o aumento no número de adeptos ao veganismo nos últimos anos, junto à procura por dietas mais saudáveis, a demanda por alimentos baseados em vegetais tem crescido, dando origem a um promissor nicho comercial. No entanto, para manter a confiabilidade desses produtos e os valores éticos exigidos para o estilo de vida, se faz necessário a autenticação destes, para a garantia de ausência de resíduos animais. Neste trabalho, foi utilizada a técnica de reação em cadeia da polimerase em tempo real, direcionada a regiões conservadas do DNA mitocondrial entre os animais, a fim de criar uma certificação biomolecular para alimentos in natura e levemente processados. Utilizando kits comerciais com sensibilidade de 0,01% para DNA animal, foi alcançado maior especificidade e rapidez ao trabalho de autenticação alimentar, comparado aos métodos empregados pelos órgãos certificadores vigentes. Os produtos submetidos apresentaram resultados positivos para a emissão do selo, livres de inibidores, a partir da observação dos controles de reação, o que demonstrou o êxito do método. Ainda, foi confirmada a ausência de elemento animal nas amostras, sendo todas aptas ao recebimento do selo vegano por certificação genética. Colaborando, desse modo, na valoração ética e econômica destes produtos e marcas, e entregando confiança aos consumidores e facilidade em suas buscas.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Análise in silico e caracterização bioquímica parcial de uma Beta-glicosidase da cianobactéria amazônica Microcystis aeruginosa Caciam 03(2022-05-31) SERRA, Gustavo Marques; SANTOS, Agenor Valadares; http://lattes.cnpq.br/9530734927662735; https://orcid.org/0000-0002-2690-2841As β-glicosidases (EC 3.2.1.21) são um grupo diversificado de enzimas que catalisam a hidrólise de ligações β-glicosídicas de carboidrato para liberar resíduos de glicosil terminais não redutores, como a β-D-glicose e que possuem grande aplicabilidade industrial. Nas bactérias, as β-glicosidase que constituem o complexo celulase microbiana desempenham um papel importante na regulação de todo o processo de hidrólise da celulose. Acredita-se que as β-glicosidases de cianobactérias desempenhem papéis no metabolismo de glicosídeos e possível atividade hidrolítica da celobiose importante para hidrólise da celulose completa. Entretanto, dados estruturais e funcionais das β-glicosidases de cianobactérias e sua aplicação biotecnológica, ainda são escassos. Deste modo, o presente trabalho busca elucidar as propriedades físico-químicas, estruturais e funcionais empregando ferramentas in silico e apresentar a caracterização bioquímica parcial de uma β-glicosidase de Microcystis aeruginosa CACIAM 03 (MaBgl3). A sequência utilizada no estudo, estando depositada no NCBI (ID: OCY13127.1), fora analisada quanto a suas propriedades físico-químicas, sequências primárias, funções, localização subcelular, domínios, estruturas secundárias, modelagem tridimensional. Essa β-glicosidase MaBgl3 é pertencente à família GH3, monomérica e com massa molecular teórica de 57,24 kDa e pI de 5,01, configurando ser uma proteína ácida presente no citoplasma da cianobactéria. O modelo da estrutura MaBgl3 revelou um domínio N-terminal enovelado como um barril TIM distorcido com mecânica catalítica de díade semelhante encontrada em N-acetilglicosaminidases, um loop que conecta este domínio a um segundo domínio C-terminal na forma de sanduíche α/β. O extrato enzimático mostrou atividade enzimática frente a p-nitrofenil-β-D-glucopiranosídeo, tendo atividade ótima em pH 4,5 e 40 °C com 37 U/mL. Estes resultados permitiram compreender as principais características bioquímicas, estruturais e seu mecanismo de catálise. Futuramente, avaliações de tolerâncias pela glicose, influência de aditivos e a sua purificação, poderão contribuir para processos de hidrólise da biomassa lignocelulósico, dentre outras aplicações biotecnológicas.