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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Caracterização comparativa dos genomas mitocondriais de Anableps anableps (LINNAEUS, 1958) e Anableps microlepis (Müller e Troschel, 1844) (Cyprinodontiformes: Anablepidae)(2026-07-20) ROSÁRIO, Murilo Furtado do; SOUSA, Rodrigo Petry Corrêa de; BRITO, Carla Denise Bessa de; http://lattes.cnpq.br/0921857281639788; http://lattes.cnpq.br/3118860174342134; https://orcid.org/0000-0002-3626-4484; https://orcid.org/0000-0002-8469-0138; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de; http://lattes.cnpq.br/9327173329561099Nas últimas décadas, o desenvolvimento das tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS), aliado ao avanço de ferramentas bioinformáticas para montagem, anotação e validação de genomas, ampliou significativamente a obtenção de mitogenomas completos, possibilitando análises comparativas da organização gênica, composição nucleotídica, uso de códons, rearranjos e relações filogenéticas em peixes. Apesar desse avanço, a disponibilidade de genomas mitocondriais completos ainda permanece desigual entre os representantes de Teleostei. Na ordem Cyprinodontiformes, embora algumas famílias estejam relativamente bem representadas, outras ainda apresentam escassez de informações mitogenômicas, limitando estudos comparativos e inferências sobre sua história evolutiva. Entre elas destaca-se a família Anablepidae, cujos representantes apresentam adaptações morfológicas e ecológicas singulares, mas permanecem pouco estudados sob a perspectiva genômica. As espécies Anableps anableps e Anableps microlepis, popularmente conhecidas como tralhotos ou peixesde-quatro-olhos, apresentam uma adaptação ocular única, caracterizada pela divisão horizontal da córnea e da retina, que permite visão simultânea acima e abaixo da superfície da água. Essas espécies habitam ambientes estuarinos e costeiros da costa norte da América do Sul, desempenham importante papel ecológico nas cadeias tróficas e apresentam potencial como bioindicadoras de alterações ambientais. Entretanto, até o momento, inexistiam descrições de seus genomas mitocondriais completos. Diante dessa lacuna, este trabalho propõe a caracterização dos mitogenomas completos de A. anableps e A. microlepis. Para isso, os genomas foram montados, anotados e caracterizados quanto à sua organização estrutural, composição nucleotídica e conteúdo gênico, sendo comparados com outros representantes de Cyprinodontiformes para investigar suas relações evolutivas. Os resultados ampliam a representatividade da família Anablepidae em bancos de dados públicos e fornecem uma base para futuros estudos em filogenia, filogeografia, genética da conservação e evolução dos genomas mitocondriais de peixes estuarinos.Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) GenTreat: pipeline computacional para montagem híbrida de genomas procarióticos(2024-09-19) SANTOS, Victória Cardoso dos; TEIXEIRA, Otávio Noura; http://lattes.cnpq.br/5784356232477760; VERAS, Adonney Allan de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/2201652617167877; https://orcid.org/0000-0002-7227-0590O desenvolvimento das ciências ômicas foi muito influenciado pelas tecnologias de sequenciamento. No entanto, o grande volume de dados gerados por essas tecnologias torna necessário o desenvolvimento de novas ferramentas computacionais para processamento e análise, principalmente na montagem do genoma. Duas abordagens principais são comumente usadas para montagem: montagem baseada em referência, que mapeia as leituras de sequenciamento em relação a um genoma de referência, e montagem de novo, que executa a montagem sem uma referência. Técnicas de montagem de novo incluem Overlap Layout-consensus, grafo De Bruijn e algoritmos gulosos. Embora inúmeras ferramentas tenham sido desenvolvidas ao longo dos anos, os desafios persistem, incluindo resultados de montagem fragmentados e contigs redundantes. Como resultado, surgiram novos métodos, como estratégias de montagem híbrida que combinam resultados de diferentes montadores. No entanto, as ferramentas existentes que utilizam essa estratégia geralmente envolvem linhas de comando extensas e complexas. O GenTreat é um pipeline computacional com uma interface gráfica intuitiva, foi desenvolvido para montagem híbrida automatizada de genomas procarióticos, realiza a montagem usando dois montadores, mescla os resultados e, em seguida, ordena e anota o genoma montado. A validação usando leituras brutas de 61 organismos demonstrou que é uma alternativa viável para montagem híbrida automatizada, eliminando a necessidade do uso de extensas linhas de comando. A ferramenta está disponível em: https://sourceforge.net/projects/gentreat/.