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metadata.dc.type: Trabalho de Conclusão de Curso - Graduação
Title: Desenvolvimento do programa de computador gapblaster: uma ferramenta gráfica para fechamento de gaps em genomas procariotos
metadata.dc.creator: MIRANDA, Fábio Malcher
metadata.dc.contributor.advisor1: RAMOS, Rommel Thiago Juca
Issue Date: 9-Mar-2017
Citation: MIRANDA, Fábio Malcher. Desenvolvimento do programa de computador gapblaster: uma ferramenta gráfica para fechamento de gaps em genomas procariotos. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos. 2017. 74 f. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Ciência da Computação) – Faculdade de Computação, Instituto de Ciências Exatas e Naturais, Universidade Federal do Pará, Belém, 2017. Disponível em: http://bdm.ufpa.br/jspui/handle/prefix/2842 . Acesso em:.
metadata.dc.description.resumo: Entre os principais desafios que impedem cientistas de usufruírem dos benefícios decorrentes da montagem de genomas estão os altos custos experimentais, que dificultam a finalização de montagens. Embora existam inúmeras soluções computacionais que auxiliem na etapa de finalização, estas ferramentas são basicamente "caixas pretas" que não apresentam informações suficientes sobre as alterações que estão sendo feitas no genoma e frequentemente não conseguem preencher todas as lacunas deixadas pelos montadores. Neste trabalho, esses problemas são abordados através da criação do programa de computador GapBlaster, uma ferramenta gráfica que tem como objetivo reduzir a fragmentação da montagem de genomas e agilizar a finalização desta. O algoritmo proposto utiliza como entrada um arquivo FASTA contendo os scaffolds do genoma e um ou mais arquivos FASTA contendo os contigs, que podem ser provenientes de diferentes montadores ou mesmo de outros experimentos de sequenciamento. Os contigs são então alinhados contra os scaffolds através do programa Legacy BLAST, BLAST+ ou MUMmer e os alinhamentos identificados pertencentes a um mesmo contig e que podem fechar gaps são então exibidos ao usuário para inspeção através da interface gráfica. O desempenho do GapBlaster foi avaliado em dados NGS obtidos a partir da montagem das bactérias Staphylococcus aureus e Rhodobacter sphaeroides, ambas adquiridas do projeto GAGE. Adicionalmente, foram utilizados dados NGS da montagem do genoma Corynebacterium pseudotuberculosis. Comparado com ferramentas similares, os resultados do GapBlaster são satisfatórios e ele apresenta a vantagem de oferecer uma interface gráfica para inspeção dos gaps fechados. O GapBlaster foi implementado na linguagem de programação Java e está disponível para download através do endereço <https://sourceforge.net/projects/gapblaster/>. O GapBlaster requer a instalação do JDK 8 e do Legacy BLAST, BLAST+ ou MUMmer.
Abstract: Among the main challenges that prevent scientists from reaping the benefits of genome assembly are the high experimental costs, which make it difficult to finish assemblies. Although there are various computational solutions that assist in the finishing phase, these tools are basically "black boxes" that do not present enough information about the changes being made in the genome and often fail to fill in all the gaps left by the assemblers. In this work, these issues are addressed through the creation of the software GapBlaster, a graphical tool that aims to reduce the fragmentation of genomes assembly and speed-up finishing the latter. The proposed algorithm uses as input a FASTA file containing the scaffolds of the genome and one or more FASTA files containing the contigs, which may come from different assemblers or even from other sequencing experiments. The contigs are then aligned against the scaffolds through the software Legacy BLAST, BLAST + or MUMmer and the identified alignments belonging to the same contig that can also close gaps are then displayed to the user for inspection through the graphical user interface. GapBlaster’s performance was evaluated on NGS data obtained from the assemblies of the bacterias Staphylococcus aureus and Rhodobacter sphaeroides, both acquired from the GAGE project. Additionally, NGS data from the genome assembly of Corynebacterium pseudotuberculosis was used. Compared with similar tools, the results of GapBlaster are satisfactory and it has the advantage of offering a graphical user interface for inspection of closed gaps. GapBlaster was developed in Java and is available for download at <https://sourceforge.net/projects/gapblaster/>. GapBlaster requires the installation of JDK 8 and Legacy BLAST, BLAST + or MUMmer.
metadata.dc.subject.cnpq: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA::CIENCIA DA COMPUTACAO
Keywords: Bioinformática
Curadoria de genomas
Fechamento de gaps
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
metadata.dc.source: 1 CD-ROM
Appears in Collections:Faculdade de Computação - FC/ICEN

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