Navegando por Assunto "Docagem molecular"
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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Ação inibitória de flavonóides frente a enzima Mpro do SARSCOV2: estudo de docagem e dinâmica molecular(2022-02-22) RODRIGUES, Laíza Neves; BRASIL, Davi do Socorro Barros; http://lattes.cnpq.br/0931007460545219; https://orcid.org/0000-0002-1461-7306A pandemia da COVID-19 (SARS-CoV-2) é uma emergência de saúde global. Diversas vacinas com alta eficácia foram desenvolvidas, mas o vírus, com certa rapidez, vem apresentando mutações que afetam suas características, como a transmissibilidade. A possibilidade de mutações que afetam a capacidade de proteção da vacina é algo alarmante. O presente estudo foi desenvolvido visando que diante desse cenário cada nova descoberta é bem-vinda, bem como a contribuição às pesquisas por fármacos de produtos naturais de origem nacional. Para tanto, técnicas aliadas ao planejamento de novos fármacos foram aplicadas, simulações de docagem molecular e dinâmica molecular utilizando a protease Mpro (principal protease do SARS-CoV-2) como alvo enzimático e ligantes flavonoides (classe de produtos naturais com atividade farmacológica antiviral relatada) selecionados de uma biblioteca de produtos naturais da biodiversidade brasileira. Resultados condizentes com a literatura foram encontrados, dois ligantes se destacaram tanto nas simulações de docagem quanto na dinâmica molecular, e foram sugeridos para etapas posteriores de planejamento de fármacos.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Interação de vírus Nipah com nanomateriais(2023-07-05) ALMEIDA, Aguinaldo Pantoja de; CHAVES NETO, Antonio Maia de Jesus; http://lattes.cnpq.br/3507474637884699; https://orcid.org/0000-0002-9730-3512Foi pesquisado e verificado a análise da proteína externa do vírus Nipah com nanomaterial, catorze estruturas de potenciais de pontos quânticos por meio de docagem e dinâmica molecular, utilizando as plataformas CB Docking, Swiss DOCK e AutoDock Vina 4.2.6 para analisar os resultados e determinar qual é o mais pertinente. Além disso, as trajetórias dos ligantes em relação ao tempo foram calculadas usando Gromacs 2022. Verifica-se que os complexos eram altamente hidrofóbicos na região de ligação do receptor. A energia de descarga dos resultados seguiu as cargas parciais das pontas de melhor desempenho. Essa suposição foi confirmada pelos valores de RMSD. Para adsorver efetivamente os componentes proteicos do vírus, proteínas e pontos quânticos podem ser combinados. Serão valorizados estudos de docagem e dinâmica molecular, bem como a comprovação da energia de ligação.