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Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Análise comparativa e filogenética de mitogenomas de garoupas do atlântico (Perciformes; Epinephelidae)(2025-02-20) REIS, Glória Maria da Costa; SOUSA, Rodrigo Petry Corrêa de; http://lattes.cnpq.br/0921857281639788; https://orcid.org/0000-0002-3626-4484; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de; http://lattes.cnpq.br/9327173329561099Os peixes da família Epinephelidae, comumente conhecidos como garoupas, são espécies de grande importância ecológica e econômica, sendo relevantes tanto para a conservação marinha quanto para a pesca comercial. O estudo dos mitogenomas dessas espécies é essencial para entender a diversidade genética do grupo, assim como, evolução e adaptação destes aos diferentes ambientes marinhos. Nesse contexto, este estudo focou na análise dos mitogenomas das espécies Epinephelus morio (garoupa-vermelha) e Mycteroperca interstitialis (garoupa-deboca-amarela) da família Epinephelidae. Os mitogenomas sequenciados apresentaram comprimentos de 16.418pb e 17.455pb, respectivamente, e continham 37 genes mitocondriais, incluindo 13 genes codificadores de proteínas (PCGs), 22 tRNAs e 2 rRNAs, além de uma região de controle. A organização e a ordem gênica observadas são consistentes com o padrão encontrado em outras espécies da família e na maioria dos peixes teleósteos. Ambos os mitogenomas apresentaram uma composição de nucleotídeos semelhante, com variações pequenas nas proporções nucleotídicas. A análise do uso de códons e a estrutura dos genes mostraram semelhanças com outras espécies da família. A árvore filogenética gerada com base nos 13 genes codificadores de proteínas revelou relações próximas entre E. morio e outras espécies da mesma família, contudo, observam-se algumas incongruências nas relações entre gêneros, em virtude de arranjos com padrões parafiléticos de alguns grupos. Este estudo oferece uma base sólida em análises filogenéticas e destaca a importância de integrar dados moleculares para entender melhor as relações evolutivas entre as garoupas.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Caracterização comparativa dos genomas mitocondriais de Anableps anableps (LINNAEUS, 1958) e Anableps microlepis (Müller e Troschel, 1844) (Cyprinodontiformes: Anablepidae)(2026-07-20) ROSÁRIO, Murilo Furtado do; SOUSA, Rodrigo Petry Corrêa de; BRITO, Carla Denise Bessa de; http://lattes.cnpq.br/0921857281639788; http://lattes.cnpq.br/3118860174342134; https://orcid.org/0000-0002-3626-4484; https://orcid.org/0000-0002-8469-0138; SOUZA, Marcelo Nazareno Vallinoto de; http://lattes.cnpq.br/9327173329561099Nas últimas décadas, o desenvolvimento das tecnologias de Sequenciamento de Nova Geração (NGS), aliado ao avanço de ferramentas bioinformáticas para montagem, anotação e validação de genomas, ampliou significativamente a obtenção de mitogenomas completos, possibilitando análises comparativas da organização gênica, composição nucleotídica, uso de códons, rearranjos e relações filogenéticas em peixes. Apesar desse avanço, a disponibilidade de genomas mitocondriais completos ainda permanece desigual entre os representantes de Teleostei. Na ordem Cyprinodontiformes, embora algumas famílias estejam relativamente bem representadas, outras ainda apresentam escassez de informações mitogenômicas, limitando estudos comparativos e inferências sobre sua história evolutiva. Entre elas destaca-se a família Anablepidae, cujos representantes apresentam adaptações morfológicas e ecológicas singulares, mas permanecem pouco estudados sob a perspectiva genômica. As espécies Anableps anableps e Anableps microlepis, popularmente conhecidas como tralhotos ou peixesde-quatro-olhos, apresentam uma adaptação ocular única, caracterizada pela divisão horizontal da córnea e da retina, que permite visão simultânea acima e abaixo da superfície da água. Essas espécies habitam ambientes estuarinos e costeiros da costa norte da América do Sul, desempenham importante papel ecológico nas cadeias tróficas e apresentam potencial como bioindicadoras de alterações ambientais. Entretanto, até o momento, inexistiam descrições de seus genomas mitocondriais completos. Diante dessa lacuna, este trabalho propõe a caracterização dos mitogenomas completos de A. anableps e A. microlepis. Para isso, os genomas foram montados, anotados e caracterizados quanto à sua organização estrutural, composição nucleotídica e conteúdo gênico, sendo comparados com outros representantes de Cyprinodontiformes para investigar suas relações evolutivas. Os resultados ampliam a representatividade da família Anablepidae em bancos de dados públicos e fornecem uma base para futuros estudos em filogenia, filogeografia, genética da conservação e evolução dos genomas mitocondriais de peixes estuarinos.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Dinâmica de especiação e expansão populacional em Ucides: insights a partir da análise genética de Ucides occidentalis (Ortmann, 1897) e Ucides cordatus (Linnaeus, 1763) (Decapoda, Brachyura)(2023-12-13) NUNES, André Lucas Alves; SILVA, Adam Rick Bessa da; http://lattes.cnpq.br/6415904655659166; https://orcid.org/0000-0002-6093-6180O gênero Ucides, composto pelas espécies Ucides occidentalis e Ucides cordatus, é distribuído amplamente pelas costas do Atlântico e Pacífico na América Central e do Sul. Essas espécies são fundamentais para estudar a evolução e distribuição histórica de organismos costeiros. Sua distribuição geográfica indica um evento de vicariância, possivelmente devido a alterações geológicas e climáticas, que teriam separado uma população ancestral e levado à especiação. Este estudo analisou 116 sequências genéticas (46 de U. occidentalis e 70 de U. cordatus), usando o gene COI para confirmar o status taxonômico das subespécies de Ucides. A divergência genética entre as linhagens variou de 0.152 a 0.192% na distância p-distance, com uma estimativa de divergência temporal de cerca de 2.7 milhões de anos. Não foram encontradas subestruturas significativas dentro de cada grupo, indicando populações panmíticas para ambas espécies. Análises de BSP mostraram um crescimento populacional que começou há cerca de 15 mil anos, para ambas as espécies. A expansão demográfica recente está relacionada ao fim do Último Máximo Glacial e à expansão dos manguezais, o que destaca a importância destes resultados para entender a evolução, dinâmica populacional e conservação destas espécies.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Diversidade de peixe capturada em currais de pesca do litoral bragantino, Pará, Amazônia costeira, registrada com DNA Barcode(2026-07-23) COSTA , Jorge Luis Alves da; MARTINS, Thais Sousa; http://lattes.cnpq.br/6076818310602853; GOMES, Grazielle Fernanda Evangelista; http://lattes.cnpq.br/5740656339448561; https://orcid.org/0000-0001-8898-0311O presente trabalho aborda a importância dos currais de pesca como uma atividade fundamental para a subsistência, a economia e a preservação da cultura das comunidades pesqueiras da Península de Ajuruteua, município de Bragança, Pará. Também evidencia o papel do conhecimento tradicional, transmitido oralmente entre gerações de pescadores, e os desafios enfrentados para sua continuidade diante do envelhecimento dos mestres dos currais. Para ampliar o conhecimento sobre a diversidade associada a essa arte de pesca, foi realizado um levantamento da ictiodiversidade capturada em currais de pesca por meio da identificação morfológica associada a ferramenta DNA Barcode. O estudo permitiu identificar a diversidade de espécies exploradas, contribuindo para o conhecimento da ictiofauna da costa amazônica e fornecendo informações relevantes para a conservação e o manejo sustentável dos recursos pesqueiros. Como produto de extensão, foi elaborado um livro reunindo informações sobre os currais de pesca e as espécies registradas, contendo fotografias e seus respectivos nomes populares e científicos, constituindo um material de devolutiva destinado às comunidades pesqueiras participantes da pesquisa e um instrumento de valorização do conhecimento tradicional.Trabalho de Curso - Graduação - Relatório Acesso aberto (Open Access) Estudo filogeográfico de Odontophorus capueira (aves: odontophoridae), com ênfase na comparação das populações disjuntas do nordeste/sudeste (Parte II)(2023-12-05) MARIANO, Hévila de Carvalho; REGO, Pericles Sena do; http://lattes.cnpq.br/2700468443907633; https://orcid.org/0000-0002-4537-946XA espécie Odontophorus capueira, conhecida popularmente por uru-capoeira, uru-do-nordeste ou perdiz-uru, é um pequeno galináceo florestal topetudo, pertencente à família Odontophoridae. O estudo objetiva compreender o padrão filogeográfico para a espécie Odontophorus capueira, avaliando por meio de marcadores moleculares (sequencias mitocondriais e nucleares), se as subespécies correspondem à populações estruturadas e apresentam indicativos que validem sua elevação de nível taxonômico à espécie plena. Tais informações poderão ser utilizadas em futuros planos de conservação, principalmente para população do nordeste brasileiro.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Identificação molecular das espécies de baiacu do gênero Colomesus Gill, 1884 na região de Breves, Ilha de Marajó(2020-07-21) ANDRADE, Valéria Martins de; FREITAS, Tiago Magalhães da Silva; http://lattes.cnpq.br/5148299236654901; https://orcid.org/0000-0003-3203-3408; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124A ordem Tetraodontiforme está distribuída em mares e águas doces de clima tropical e temperado. Possuem notável diversidade em forma, tamanho e estilo de vida. Esta ordem abriga peixes popularmente conhecidos como “baiacus” pertencentes as famílias, Diodontidae e Tetraodontidae. Baiacus possuem poucas características externas úteis para taxonomia e estas são facilmente distorcidas quando os espécimes são fixados em formol e preservadas em etanol, tornando difícil o processo de reconhecimento de espécies e sua classificação. Dessa forma, ferramentas complementares à sistemática, como a utilização de DNA, vêm auxiliando pesquisadores na investigação da presença de novas linhagens moleculares. DNA Barcoding, é um método para a identificação rápida de espécies, baseado na extração de uma sequência de DNA de uma pequena amostra de um organismo utilizando o gene COI como marcador universal. O objetivo do presente estudo é, através da ferramenta do DNA Barcoding, investigar qual linhagem do gênero Colomesus, ocorre na região de Breves, Ilha do Marajó. Amostras de tecido muscular foram retiradas de oito espécimes previamente identificadas como Colomesus asellus coletados na região de Breves onde as sequências geradas foram comparadas com sequências disponíveis de outras localidades. Os resultados revelaram a formação de três clados distintos com valor de suporte significativos sugerindo a existência de uma nova linhagem dentro do gênero. Foi possível demonstrar desta forma, a eficácia da ferramenta DNA Barcode em evidenciar que o status da espécie em questão na região de Breves deve ser revisado com ampliações de amostragens ao longo da região oeste da Ilha do Marajó.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Identificação molecular de espécies de cefalópodes comercializados no Brasil(2021-10-07) PAIVA, Bianca Lima; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124Os cefalópodes são amplamente comercializados, principalmente as lulas onde as principais espécies exploradas são membros da família Loliginidae e Ommastrephidae, no entanto durante as várias formas de comercialização, ocorre o processamento do animal, que inclui a retirada e separação da cabeça, braços ou mesmo cortado em anéis, o que acaba dificultando a identificação morfológica e facilitando substituições, intencionais ou não, sendo necessários procedimentos mais eficientes para uma correta identificação. Desta forma, o presente estudo teve como objetivo demonstrar a eficácia do fragmento do 16S rDNA para a identificação de cefalópodes de valor comercial, comercializados na costa brasileira e regiões do Continente Americano. Foram coletadas amostras de supermercados e diretamente de pescadores. E a partir da extração e sequenciamento do DNA, obtivemos uma matriz contendo 216 sequências, incluindo lulas e polvos. Para as lulas, foram identificadas sete espécies distribuídas em vários estados do Brasil e exterior, bem como, erro de rotulagem de espécies nacionais, verificando-se 100% de erro de rotulagem nas amostras do estado do Pará, que continha a espécie Dosidicus gigas, encontrada somente no Oceano Pacífico que, assim como as demais amostras estava rotulada genericamente como “Lula Nacional”. Os dados obtidos indicam a comercialização de 4 espécies diferentes de polvos em feiras e mercados do Brasil e México. Animais vendidos com o nome genérico de “polvo do nordeste” foram geneticamente similares a O. vulgaris do Tipo II, entretanto, não houve valor de suporte estatístico significante que separasse geneticamente O. vulgaris do Tipo I e do Tipo II no presente estudo. Todos os indivíduos coletados em feiras no Nordeste foram geneticamente similares a O. insularis, contudo, o valor de suporte obtido não foi estatisticamente significativo. Portanto, nossos resultados demostraram a eficácia do fragmento do 16S rDNA para identificação de espécies e avaliação de erros de rotulagem. Tais práticas de substituições e fraudes comerciais se tornam uma problemática tanto na perspectiva econômica como ambiental, que poderiam ser sessados no Brasil com leis mais rigorosas no qual se exija o nome comum e científico das espécies, assim como mecanismos eficientes de identificação, a fim de se permitir uma negociação honesta com o consumidor.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Inferências moleculares em Anableps anableps (Linnaeus, 1758) provenientes da região de Breves, Ilha de Marajó Breves-PA(2018-12-19) RODRIGUES, Alan Erik Souza; SALES, João Bráullio de Luna; http://lattes.cnpq.br/1304788054324708; https://orcid.org/0000-0001-5914-2124O correto conhecimento sobre a diversidade ictiologia da região Sul Ocidental do Atlântico ainda aparece como um desafio aos ictiólogos, em especial de regiões extensas e de difícil acesso como a região inserida na Ilha de Marajó. Grupos de peixes que apresentam ainda uma baixa capacidade de dispersão, associada a estilo de vida estuarino-residentes, podem muitas vezes esconder uma diversidade críptica ainda não inferida por métodos de sistemática tradicionais, como o caso da espécie Anableps anableps, conhecida como tralhoto. Nos últimos anos, o surgimento de ferramentas moleculares tem auxiliado na resolução de problemas acerca de fauna não descrita, em especial para grupos de peixes com morfologia conservada, provando-se uma ferramenta útil em estudos evolutivos e sistemáticos. O presente estudo tem como objetivo, caracterizar geneticamente a linhagem de A. anableps provenientes do Rio Tajapuru, na Cidade de Breves, Ilha de Marajó, através do gene mitocondrial Citocromo Oxidase, Subunidade I. Adicionalmente a estes indivíduos, foram baixadas sequencias disponíveis no portal GenBank e implementadas no banco de dados do presente estudo. Os resultados indicam a provável presença de linhagens novas de A. anableps na região do Rio Itapecuru no Maranhão, bem como no Rio Tajapuru em Breves. Os eventos do Plesitoceno podem ser os responsáveis pelo isolamento destas linhagens presentes nos rios interiores em relação as linhagens litorâneas encontradas em estudos anteriores, fato este reforçado pela característica biológica da espécie como baixa capacidade dispersiva.Trabalho de Curso - Graduação - Artigo Acesso aberto (Open Access) Inferências moleculares sugerem diversidade críptica de Sylvilagus brasiliensis (Logomorpha: Leporidae) nas Américas Central e Sul(2023-12-13) OLIVEIRA, Juliana Ribeiro de; SILVA, Adam Rick Bessa da; http://lattes.cnpq.br/6415904655659166Sylvilagus brasiliensis, conhecido como Tapiti, destaca-se pela sua ampla distribuição geográfica nas Américas. Este animal é encontrado em vários biomas do Brasil, gerando debates taxonômicos acerca da possível existência de espécies crípticas e do impacto de fatores ambientais na sua diferenciação. Nossas análises focaram no gene 12S rRNA e identificaram dois clados distintos dentro de S. brasiliensis: Clado América Central e Clado América do Sul, sem fluxo gênico entre eles. A rede de haplotipos e a significativa divergência genética (1,6% para Da e 2% para p-distance) encontrada corroboram a existência de dois haplogrupos distintos ao longo da distribuição da espécie. A descontinuidade genética apresenta uma aparente relação com os Andes como barreira, atuando como um evento vicariante para esta espécie. A função dos Andes como barreira geográfica na diversificação de espécies é particularmente importante, uma vez que as populações ancestrais de S. brasiliensis provavelmente se originaram na América Central, dispersando-se posteriormente para o sul e sendo separadas pelos Andes. Os resultados mostram forte impacto taxonômico para esta espécie, embora mais pesquisas, especialmente com amostragens mais abrangentes, sejam necessárias para compreender a diversificação e conservação do S. brasiliensis, uma espécie em risco de extinção.Trabalho de Curso - Graduação - Monografia Acesso aberto (Open Access) Mapeamento de sequências repetitivas no cariótipo de Gymnotus carapo (Gymnotiformes, Teleostei) da Área de Proteção Ambiental (APA) da Ilha do Combú, Belém, Pará(2023-12-14) BARROS, Nayza; NAGAMACHI, Cleusa Yoshiko; http://lattes.cnpq.br/8887641213110093; https://orcid.org/0000-0003-1516-2734Gymnotus (Gymnotiformes) é um gênero de peixes elétricos que utilizam descargas de baixa intensidade para comunicação e predação. Esse grupo possui uma grande diversidade cariotípica de número diplóide (2n) variando de 34 até 54 cromossomos. As sequências repetitivas são importantes marcadores que podem auxiliar na compreensão da evolução cariotípica das espécies, em especial das crípticas, como o Gymnotus carapo. Visando entender a estrutura cariotípica e a evolução do grupo, foram realizados estudos citogenéticos utilizando FISH com sondas snRNA U2, sequências teloméricas, rDNA 5S e rDNA 18S em amostras de Gymnotus coletadas na APA da Ilha do Combú, Belém, Pará, Brasil. Os resultados mostram que Gymnotus carapo “Combú” possui 2n = 42 e fórmula cariotípica de 32 m/sm e 10 st/a. A heterocromatina constitutiva ocorre na região centromérica dos cromossomos, com pequenas faixas intersticiais em alguns cromossomos. O rDNA 18S é encontrado em um único par metacêntrico na região proximal do braço longo. O rDNA 5S também é encontrado em um único par metacêntrico na região proximal do braço longo. O snRNA U2 foi evidenciado na região centromérica de um par metacêntrico. As sequências teloméricas ocorrem na região distal de todos os cromossomos, sendo encontradas sequências intersticiais em um par metacêntrico e um par acrocêntrico. Estes resultados mostram que a espécie se encontra em processo de diversificação, evidenciado pelos diversos rearranjos ocorridos , pela diversidade no 2n e na marcação dos sinais que ocorre no grupo.